La Grèce se situe à l'extrémité sud de la péninsule balkanique, entre la mer Ionienne, la mer Egée et la Méditerranée. Elle partage ses frontières terrestres avec l'Albanie, la Macédoine du Nord, la Bulgarie et la Turquie. Sa géographie associe des massifs élevés, des plaines étroites et une multitude d'îles, ce qui explique la dispersion du peuplement et le rôle historique de la navigation.
Le territoire couvre 131 957 kilomètres carrés, soit environ un quart de la France. Les eaux territoriales et la zone économique exclusive dépassent largement cette étendue et pèsent lourd dans les relations avec les pays voisins.
Les montagnes occupent près de quatre cinquièmes du pays. La chaîne du Pinde forme l'épine dorsale du continent et se prolonge vers le Péloponnèse puis la Crète. Le mont Olympe, point culminant, atteint 2 917 mètres et domine la plaine de Thessalie. Les plaines fertiles se limitent à la Thessalie, à la Macédoine centrale et à la Thrace.
Le littoral s'étire sur plus de 13 000 kilomètres, l'un des plus longs d'Europe et parmi les plus découpés du monde. Aucun point du pays ne se trouve à plus d'une centaine de kilomètres de la mer, ce qui a orienté l'économie vers la pêche, le commerce maritime et le tourisme balnéaire.
Les décomptes varient selon la définition retenue, entre un peu plus de 1 500 îles et près de 6 000 îles et îlots. 200 environ sont habitées de façon permanente et une trentaine seulement dépassent 10 000 habitants. Les principaux ensembles sont les Cyclades, le Dodécanèse, les îles du nord de la mer Egée, les Sporades, les îles Ioniennes et le golfe Saronique. La Crète, avec 8 336 kilomètres carrés, constitue la plus grande île du pays.
La Grèce est le pays le plus sismique d'Europe, en raison de la subduction de la plaque africaine sous la plaque égéenne le long de l'arc hellénique. Les secousses fortes restent fréquentes en Ionie, en Crète et dans les Cyclades, et le volcanisme demeure actif à Santorin, à Nisyros et à Milos.
Les précipitations se concentrent en hiver et se répartissent très inégalement, abondantes à l'ouest et rares dans les Cyclades. Les fleuves sont courts, à l'exception de l'Aliakmon qui atteint 297 kilomètres. Les îles dépendent souvent d'installations de dessalement ou d'approvisionnements par bateau pendant la saison touristique.